Sākotnēji PSRS medijos, kā arī starptautiskajai sabiedrībai tika apgalvots, ka kosmodroms, no kura palaists pasaules pirmais zemes pavadonis, kā arī vēlāk kosmosā nosūtīts pirmais cilvēks Jurijs Gagarins, atrodas Baikonurā. Tomēr oficiāli, taču vienlaikus slepeni pilsētiņu ilgus gadus sauca par Ļeņinsku, bet kosmodromu - par Zinātniskās izpētes centru Nr.5 vai Teretamas kosmodromu.

Īstā Baikonura bija pavisam cita Kazahstānas pilsēta vairākus simtus kilometru uz ziemeļiem. Šī "vārdu spēle" bija domāta, lai Aukstā kara laikā jauktu pēdas, ļaujot domāt, ka kosmodroms atrodas pavisam citur. Tā kā palaisto raķešu ceļš patiešām gāja pāri īstajai Baikonurai, un pie tās pat māņu nolūkos tika uzbūvēta šķietama raķešu palaišanas platforma, kādu laiku šī viltība arī šķita ticama.

Klīst pat leģendas, ka to izmantojuši īstās Baikonuras iedzīvotāji. Viņi, piesaucot visā PSRS zināmās pilsētas vārdu, no citām republikām pasūtījuši dažādas deficīta preces, kuras līdz pat šīs viltības atklāšanai arī saņēmuši ārpus kārtas. Savukārt slepenībai starptautiskā mērogā jēga zuda jau 1957. gada augustā, kad kosmodromu nobildēja ASV izlūklidmašīna "Lockheed U-2".

Pēc PSRS sabrukuma Ļeņinskā joprojām palika Krievijas armijas vienības, saglabājot faktisko kontroli pār pilsētu. Savukārt 1994. gadā Krievija ar Kazahstānu noslēdza oficiālu nomas līgumu, kas līdz 2050. gadam ļauj tai ne tikai izmantot, bet arī pilnībā pārvaldīt 90 kilometrus platu un 85 kilometrus garu elipses formas teritoriju, kurā ietilpst kosmodroms un tā apkalpojošā pilsēta.

Tā kā maskēšanās nolūkos dotais vārds tai bija jau "pielipis", 1995. gada 20. decembrī ar toreizējā Krievijas prezidents Borisa Jeļcina lēmumu pilsēta arī oficiāli kļuva par Baikonuru.

No kosmodroma tā garajā vēsturē palaisti gan dažādi kosmosa kuģi, gan orbitālās stacijas "Sojuz" un "Mir", gan dažādu funkciju satelīti, veicot kopumā vismaz 1000 lidojumu. Līdz šai dienai aptuveni puse no visām Krievijas kosmosa kuģu un nesējraķešu palaišanām notikušas tieši šeit, turklāt pēdējās desmitgadēs to sadarbībā ar Krieviju daudz izmantojusi arī NASA un citu valstu kosmosa aģentūras.

Baikonuras vēsturē atrodamas arī melnās dienas. Tikai trīs gadus pēc darbības sākšanas, 1960. gada 24. oktobrī, kosmodroma teritorijā pēc ballistiskās raķetes "R-16" palaišanas mīklainos apstākļos "izzuda" 76 karavīri. Savukārt pēdējos gados vairākas raķetes palaišanas laikā piedzīvojušas avārijas, aculieciniekiem ļaujot noskatīties burtiski miljoniem eiro vērtās uguns bumbās.

Šīs nelaimes, kā arī Krievijas stratēģija, velti nepaļauties uz ilgu valstu savstarpēju draudzību nākotnē, likušas tai samazināt kosmosa programmas darbību apmērus Kazahstānā un pievērsties kosmodromu attīstīšanai pašai savā teritorijā. Lielākais un nozīmīgākais no tādiem ir Pleseckas kosmodroms Arhangeļskas rajonā.

Tikmēr Baikonuras pilsētā rit parasta ikdiena. Tajā mīt nepilni 37 000 iedzīvotāju, no kuriem tikai neliela daļa ir saistīti ar kosmodroma apkalpošanu. Pilsētā ir skolas, slimnīca un veikali.

Tāpat tajā atrodami vairāki pavisam pamesti dzīvojamie kvartāli, kuros agrāk dzīvojušas reiz šeit dislocētās PSRS militārpersonas. Patlaban kosmodroms oficiāli pārgājis Krievijas kompānijas "Roskosmos" pārvaldē, mazinot tiešu valsts un līdz ar to arī armijas iesaisti tā uzturēšanā un apsardzē.

Lai gan pilsētu nomā un tās pārvaldi joprojām nodrošina Krievijas puse, nu jau vairākus gadus pilsētas galvu ieceļ un apstiprina ar Krievijas un Kazahstānas pārstāvju kopēju piekrišanu. Tāpat pilsētā darbojas Kazahstānas tiesas un prokuroru biroji.