Komisija uzsver, ka VDK jeb čeka un tās priekšteči bija tikai viena no okupācijas režīma institūcijām. Represijas organizēja Padomju Savienības komunistiskās partijas Latvijas Komunistiskās partijas vadība. Totalitārā režīma nostiprināšanā, represijās, līdzcilvēku izspiegošanā bija iesaistīta arī Latvijas Padomju Sociālistiskās Republikas (LPSR) Ministru Padome, nedemokrātiski veidotās pilsētu un rajonu izpildu komitejas, ministrijas, sevišķi Iekšlietu ministrija, tiesas, prokuratūra, arī vissavienības institūcijas kā PSRS Reliģisko kultu lietu padomes pilnvarotā LPSR institūcija un citas.

Pētīt nepieciešams ne tikai VDK, bet visu šo sistēmu kopumā, uzsver komisija. Zinātniskā izpēte ļauj pārliecinoši konstatēt, ka čeka darbojās ne vien tieši, bet arī caur piesegstruktūrām. Līdztekus zināmām struktūrām, kā Latvijas komiteja kultūras sakariem ar tautiešiem ārzemēs, Latvijas un ārzemju draudzības un kultūras sakaru komiteja, PSRS Valsts ārzemju tūrisma komitejas Rīgas apvienība (Intūrists), kā segorganizācijas izmantoja arī, piemēram, Latvijas Ļeņina Komunistiskās jaunatnes savienību, Pētera Stučkas Latvijas Valsts universitāti, Latvijas Lauksaimniecības akadēmiju, Augstākās izglītības un vidējās speciālās izglītības ministriju, daudzas citas iestādes.

Režīma institūciju loma totalitārās sabiedrības kontrolē nav mazāk nozīmīga kā VDK izpēte, tāpēc komisija uzskata, ka Latvijā, līdzīgi kā citās posttotalitārajās Eiropas valstīs, piemēram, Ukrainā, Polijā, Čehijā, Lietuvā, Igaunijā, jāveido Nacionālais atmiņas institūts. Komisija atgādina, ka 2015. gada 6. martā ar protokollēmumu vienbalsīgi pauda, ka vēsturiskās patiesības, vārda brīvības, sabiedrības saliedētības vārdā nodrošināma pilnīga, tūlītēja visu VDK dokumentu, arī SAB esošo, nodošana atklātībai un brīvai pētniecībai bez līdzšinējās diskriminācijas.

Morālo vērtējumu par katra rīcību, motīviem, apstākļiem var dot vienīgi Latvijas sabiedrība un katrs cilvēks savā garīgajā dzīvē pats. Komisija, pamatojoties uz 28., 29. augusta, 27., 31. oktobra sēdēs lemto lūdz: paturot citu likumu speciālajās tiesību normās jau esošos ierobežojumus, atzīt likumu ''Par bijušās Valsts drošības komitejas dokumentu saglabāšanu, izmantošanu un personu sadarbības fakta ar VDK konstatēšanu'' par spēku zaudējušu.